辨明异端三八辨明杨墨三九辨明虗无寂灭四十辨明鬼神情状四一辨明天诛雷击四二君臣名儒学佛四三儒宗参究禅宗四四学佛谤佛四五从人谤佛附己见谤佛四六破不信因果四七破不信地狱四八地狱轮回异类说出儒典四九辨明升降托胎五十辨明梁武定业丞相张商英解五一辨明东西界域五二辨明三教经典五三辨明三教至道五四辨明三教优劣劝修净土论五五辨明三教圣人前後降生颂五六辨明精气神五七离相显性往生净土说五八身虽出家不求净土说五九裴相国身心虗伪说六十龙舒居士婬杀说六一理事圆顿说六二为君子说六三情说六四小因果说六五二天人说六六劝修备说六七寄库功德说六八过现未来三大劫说六九尸迦罗越六方礼经七十永明寿禅师警世文七一圆修净土决疑论出藏经七二天地神明戒杀文七三事亲大孝戒杀文七四待客解嘲戒杀文七五分产解冤戒杀文七六庆生报本戒杀文七七许愿保安戒杀文七八救患谄祭戒杀文七九利益亡人戒杀文八十预修超荐戒杀文八一慈心不杀放生文八二普劝戒杀决疑文八三太上东岳垂训文八四紫虗元君戒论文八五康节先生劝善文八六无际大师心药方八七劝行忍辱撮要八八劝人敬惜字纸八九劝修西方净土九十普劝修持净土九一预办净土资粮九二临终正念往生九三临终三疑九四临终四关九五净业疏式九六行愿流通九七

　　归元直指目录(终)(上下)卷末附(西方山居)诗百首